Tác phẩm của ông bao gồm oratorio, mass, opera và nhiều thể loại khác nữa khó có thể phân loại.

Operas

• Les amours d'Acis et Galatée, Lost, 1678?
• Les arts florissants, H. 487, 1685–86
• La descente d'Orphée aux enfers, H. 488; 1686–87
• Le jugement de Pâris, (1690)
• Philomèle, lost, 1690
• Médée, H. 491; 1693

Biblical tragedies

• Celse Martyr, Music lost; P. Bretonneau's libretto published in 1687.
• David et Jonathas, H. 490, 1688. (Libretto by P. Bretonneau.)

Pastorales

• Petite pastorale eglogue de bergers, H. 479; October 1676
• Actéon, H. 481; 1684
• Il faut rire et chanter: Dispute de Bergers, H. 484; 1685
• La fête de Ruel, H. 485; 1685
• La couronne de fleurs, H. 486; 1685
• Le retour de printemps, Lost.
• Cupido perfido dentr'al mio cor

Pastoraletta

• Amor vince ogni cosa, H. 492

Incidental theater music

• Les Fâcheux, 1672. Music lost (if indeed Charpentier did more than simply conduct the play a few times, as the records of the Comédie Française suggest), comedy by Molière.
• La comtesse d'Escarbagnas, H. 494; 1672 (comedy by Molière.)
• Le médecin malgré lui, four airs survive, date uncertain. (comedy by Molière)
• L'Inconnu, music lost; 1675 ("galant play" by Donneau de Visé và Thomas Corneille)
• Circé, H. 496; 1675. (tragedy with machines by Thomas Corneille; divertissements by Donneau de Visé)
• Ouverture du prologue de l'Inconnu, H. 499; a reworking of the prologue d'Acis et Galathée, an opera written for M. de Riants in 1679
• Andromède, H. 504; 1682 (tragedy with machines by Pierre Corneille)
• Vénus et Adonis, H. 507; 1685 (a play with machines, by Donneau de Visé)

Comédies-ballet

• Le mariage forcé (comedy by Molière,1672)
• Le malade imaginaire (comedy with machines by Molière, 1673)
• Le sicilien (for the comedy by Molière reworked in 1679)

Ballets

• Polyeucte, H. 498 (music for a performance of Pierre Corneille's play at the Collège d'Harcourt, 1679)

Divertissements

• Les plaisirs de Versailles, H. 480; 1682
• Idylle sur le retour de la santé du roi, H. 489; 1687

Interludes (Intermèdes)

• Le triomphe des dames (1676)
• La pierre philosophale (1681)
• Endymion (1681)
• Dialogues d'Angélique et de Médor (1685)

Sonatas

• Sonate à huit (H.548)

Sacred music

• Messe (H. 1)
• Messe Pour Mr. Mauroy (H. 6)
• Extremum Dei judicium (H. 401)
• Messe de minuit pour noël (H. 9, c. 1690)
• Missa assumpta est Maria (H. 11, 1698–1702)
• Litanies de la vierge (H. 83, 1683–1685)
• Te Deum (H. 146, c. 1690)
• Dixit Dominus (H. 204)
• In nativitatem Domini canticum (H. 416)
• Méditations pour le Carême (H.380-389)
• Noëls (3) (H. 531 c. 1680)
• Noëls pour les instruments (H. 534, c. 1690)
• Precatio pro filio regis (Offertory) (H. 166)
• Panis quem ego dabo (Elevation) (H. 275)